Komisi Penanggulangan AIDS (KPA) Kota Denpasar  pertama kali dibentuk berdasarkan Keputusan Walikotamadya Kepala Daerah Tingkat II Denpasar Nomor : 52 tahun 1996 tanggal 15 Januari 1996, tentang Pembentukan dan Susunan Keanggotaan Komisi Penanggulangan AIDS di Kotamadya Daerah Tingkat II Denpasar.

Kemudian Keputusan Walikotamadya Kepala Daerah Tingkat II Denpasar tersebut diperbaharui lagi  dengan Keputusan Walikotamadya Kepala Daerah Tingkat II Denpasar Nomor 188 .45/HK/1999 tentang Pembentukan dan Susunan Keanggotaan Komisi Penanggulangan AIDS di Kotamadya Daerah Tingkat II Denpasar dengan keanggotaannya ditambah lagi dari unsur Kodim 1611 Badung dan dari unsur Kepolisian Resort Badung, untuk tahun 1999 sudah mulai ada kegiatan yang dilaksanakan yaitu berupa Lokakarya HIV/AIDS pesertanya dari Unsur yayasan yang peduli AIDS, Kasi-Kasi dan Tim Penggerak PKK di Kecamatan se-Kota Denpasar  serta pengurus KPAD Kota Denpasar.

Terakhir Komisi Penanggulangan AIDS Kota Denpasar ditetapkan berdasarkan Keputusan Walikota Denpasar Nomor : 2 Tahun 2008 tanggal 5 Pebruari 2008 tentang Pembentukan Komisi Penanggulangan AIDS Kota  Denpasar. Dalam keputusan tersebut ditetapkan dua orang staff sekretariat penuh waktu untuk Pengelola Program  dan Pengelola Administrasi dan tiga Pokja.